- 所属部署
- 研究所 ゲノム解析基盤開発分野
- 申請年度
- 2023年度
- キーワード
- スプライスサイト生成変異 トランスクリプトーム解析 アンチセンスオリゴヌクレオチド（ASO）
- 研究結果の概要
- 本研究では、機械学習による予測と臓器横断的トランスクリプトームデータを統合し、病的スプライスサイト生成変異を網羅的に探索する解析基盤CrosSpliceを開発した。GTExの479名、54組織、8,656 RNA-seqデータと全ゲノム変異情報に適用し、1,743個の有意なスプライスサイト生成変異を同定した。このうち約65%は従来の解析で見逃されやすい深部イントロン変異であった。さらに、疾患関連変異の注釈・機能解析を進め、神経変性疾患関連遺伝子PLA2G6の新規深部イントロン変異による異常スプライシングを実験的に確認した。加えて、アンチセンスオリゴヌクレオチドにより異常スプライシングを補正できることを示し、希少・難治性疾患の原因変異および核酸医薬標的の探索基盤を構築した。
- 公表論文
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Yano Y, Okada A, Ono M, Mateos RN, Nakayama T, Shiraishi Y.
CrosSplice: A Pipeline for Identifying Rare Splice-Site Creating Variants from Cross-Tissue Transcriptome Data.
medRxiv. 2025. doi: 10.64898/2025.12.21.25342246.
