腫瘍組織中静止期細胞と微小環境との相互作用の情報学的空間オミクス解析

プログラム

医学系研究助成　がん領域（基礎）

所属機関

名古屋大学

所属部署

大学院医学系研究科システム生物学

キーワード

空間オミクス　細胞間相互作用

研究結果の概要

腫瘍組織中の静止期細胞が周囲の微小環境とどのように相互作用して癌組織の維持に関わるかを、単一細胞・空間トランスクリプトームとDeepCOLORを用い情報学的に解析した。ヒト大腸癌scRNAseq（GSE178341）の腫瘍上皮について細胞周期スコアで静止期細胞集団を定義し、NMFにより、MHCクラスⅠ・インターフェロン応答で特徴づけられるシグネチャを同定した。DeepCOLORで空間データと統合した結果、静止期上皮の近傍には顆粒球・単球が濃縮し、増殖性上皮やB細胞は離れる傾向を認め、静止期細胞が骨髄系優位の微小環境に位置する可能性が示された。さらにCellChatにより、CD8T細胞からのCEACAM経路（静止期特異的）や単球からのGALECTIN経路などをニッチ因子候補として抽出した。静止期細胞候補とそのニッチを単一細胞解像度で記述できることを示した点に意義がある。

公表論文