余剰環状DNAによる転写制御破綻と胃癌進化の解明

プログラム

医学系研究助成　がん領域（基礎）

所属機関

千葉大学

所属部署

大学院医学研究院　分子腫瘍学

キーワード

余剰環状DNA　胃癌　クロマチン構造　ゲノム構造異常

研究結果の概要

本研究では、胃癌における余剰環状DNA（ecDNA）の検出とそのゲノム・エピゲノム構造の解析を行った。胃癌細胞株9例とPDX検体12例に対し、Circle-seq法を用いてecDNAを検出し、多数のecDNAを同定した。さらに、Hi-C解析とEagle-Cプログラムを用いて、正常胃上皮細胞株2株および胃癌細胞株15株のゲノム構造異常（転座、欠失、増幅など）を網羅的に解析し、ecDNAと一致する領域を特定した。PDXサンプル21例からも高品質なHi-Cデータを取得し、同様の解析を実施した。次に、ロングリードシークエンサーを用いて、ecDNAの全長およびエピゲノム状態を解析。6mAメチル化酵素EcoGIIを用いてオープンクロマチン領域に6mA修飾を誘導し、ロングリードでの検出に成功した。さらに、クロマチン構造解析では、ロングリードシークエンスにより複数の相互作用領域を同時に検出する新規手法を確立し、Chromunityを用いて核内の相互作用クラスター483箇所を同定した。今後はFISHなどを用いて、同定された構造異常とecDNA領域の検証を進める予定である

公表論文