申請者名尾上 耕一

プログラム

医学系研究助成　がん領域（基礎）

所属機関

名古屋大学

所属部署

医学系研究科　分子腫瘍学

キーワード

イントロン内ポリアデニル化　ナノポアシーケンス　RNA-seq　がんトランスクリプトーム　RNAプロセシング

研究結果の概要

本研究では、種々のがんにおいて亢進するイントロン内ポリアデニル化の制御メカニズムを解明するために必要な解析技術の開発を主に実施した。その結果、イントロン内ポリアデニル化と、スプライシングやRNA塩基修飾などその他の関連する事象を同時解析できる方法として、ナノポアdirect RNAシーケンスを基盤とした全長mRNAの解析手法の開発、およびデータ解析パイプラインを構築した(STAR protocol. 2023)。さらに、mRNA1分子単位で翻訳状態との関連付けのできる技術について、実際の解析例とともに提示した。また、上記技術で得られる知見をがん公共データベースに外挿的に適用するため、通常のRNA-seqデータからイントロン内ポリアデニル化の解析パイプラインを構築し、1万症例以上のがん患者におけるイントロン内ポリアデニル化アトラスを独自に作成した。その過程で、イントロン内ポリアデニル化とRNA修飾との思いがけないクロストークを見出すことができた（未公開）。

公表論文

Ogami K, Oishi Y, Hoshino SI.
Protocol for analyzing intact mRNA poly(A) tail length using nanopore direct RNA sequencing.
STAR Protocols 4: 102340 (2023)